1912년 유타주. 어려서부터 정의감과 모험심이 가득 찬 '인디'(Young Indy: 리버 피닉스 분)는 13세 보이스카웃 시절(1912년), 도굴꾼이 16세기경에 제작된 '코로나도(Coronado) 십자가'를 훔치는 것을 보고 그것을 막으려 하나 아버지 헨리 박사(Professor Henry Jones: 숀 코넬리 분)의 무관심으로 결국 실패하고 만다.