코버넌트가 코어를 향해 진격하며 인류의 가장 중요한 근거지에 다다르고, UNSC의 본거지인 리치 행성과 본부, 군사 기지까지 발각되며 힘겨운 싸움이 시작된다. 인류의 가장 큰 희망인 존은 인류를 구할 수도, 파멸시킬 수도 있는 신비의 헤일로와 자신이 밀접하게 연관됐음을 깨닫는다.
